Pierwsze plany budowy kościoła na wybranym terenie sięgają okresu powojennego. Wówczas nowa parafia miała znajdować się w okolicy ul. Radzyńskiej. Natomiast w latach 90 miejscem planowanej budowy kościoła była ulica Południowa.

Dopiero ok 10 lat temu zaczęły realizować się plany powstania kolejnej parafii w Siedlcach. Decyzją pełniącego wówczas urząd biskupa Zbigniewa Kiernikowskiego Kuria Diecezjalna dokonała zakupu działki znajdującej się przy ul. Rakowieckiej 30, a 18 sierpnia 2014 roku biskup siedlecki Kazimierz Gurda podpisał Dekret ustanawiający parafię pw. św. Jana Pawła II . Wezwanie parafii zostało wybrane na pamiątkę wizyty Ojca Świętego Jana Pawła II w Siedlcach, która miała miejsce 10 czerwca 1999 r. 
W ten sposób
 26 sierpnia 2014 r. została powołana do życia dziesiąta parafia rzymskokatolicka na terenie Siedlec, pw. św. Jan Paweł II. Wspólnota powstała z terenów parafii św. Teresy od Dzieciątka Jezus i parafii Ducha Św.  skupiała ok. 5100 wiernych. Granice terytorialne nowej parafii wyznaczają ulice Łukowska-Składowa-Partyzantów-Skrzyneckiego-Sowińskiego-Pamięci Ofiar II Wojny Światowej-Sekulska-Grabianowska-Grabianów.

Pierwszym proboszczem nowo – powstałej parafii został ks. Jarosław Oponowicz, pierwszym wikariuszem ks. Jakub Kozak.